ウィルス除去のための再インストールについて

パソコン内のトロイの木馬を退治するために再インストールしようと思っています。その場合、オペレーションプログラムの入っているドライブC だけの 再インストールでは やはり だめでしょうか。 たとえば、ドライブC の再インストールをまずやって、それでもウィルスが検出されるようなら、ほかのすべてのドライブを再インストールするというやり方ではだめでしょうか。