ダウンロードしたソフトでウイルスに感染しない方法

フリーソフトをダウンロードして使ったらウイルスに感染したと報じられています。 http://www.j-cast.com/2012/10/10149630.html フリーソフトをダウンロードして使うことはよくあるのですが、そのときウイルスに感染しないためにはどうしたらいいのでしょうか。ダウンロードした後でそのファイルのウイルスチェックをすればいいのでしょうか。